5月22日にアルゴリズムのバージョンアップが実施されましたが、それを反映する形でインデックスのフルアップデート開始の告知がされました。

Yahoo!検索において、Yahoo! inc.が開発しているウェブサーチエンジン「Yahoo! Search Technology (YST)」のインデックスのフルアップデートを開始しました。

Index Updateとは？
これにより検索結果が改善されるとともに順位変動が予想されます。なお、フルアップデートの完了には数日を要します。

また、インデックスのフルアップデートにはかかわらず、小規模な順位変動は日々発生することがあります。

Yahoo!検索 プロジェクト

YSTでは、日々検索エンジンをより使いやすいものにするために、世界各国に対応するものや日本独自向けなど、新しい機能の開発や機能修正・改良作業を計画的に実施しています。 この成果を検索エンジンに反映するため、インデクサに組み込み、インデックス全体の更新を行います。

http://searchblog.yahoo.co.jp/2009/06/yahoo_index_update_7.html

これにより、前回のアルゴリズムのバージョンアップの変更が100%反映されることになります。
順次インデックスが更新されるにつれで大きく順位が変動することが予想されますので、数日間は様子を見ていくことが必要でしょう。

ちなみに「アルゴリズムのバージョンアップ」と「インデックスのフルアップデート」は全くの別物です。
詳しい説明は省きますが、アルゴリズムのバージョンアップの真価が発揮されるのは、それ以降初回のインデックスのフルアップデートであるということを認識しておいていただくと、次のアクションの検討をしやすくなるでしょう。